آژند که از سال ۱۳۵۸ به تدریس دردانشگاه های کشور می پردازد، در سال ۱۳۸۶ نشان درجه یک پژوهش دانشگاه تهران را دریافت کرد. کتاب “نمایش در دوره صفوی” که در سال۱۳۸۶ به عنوان کتاب برتر سال دانشگاهی کشور برگزیده شد از آثار ایشان است. دکتر آژند در سال ۱۳۸۸به عنوان یکی از ده دانشمند برتر جهان اسلام معرفی شد که در قلمرو هنر بیشترین فعالیت، مقاله، کتاب و ارجاع به آثارش را داشته است.
یعقوب آژند در پی پژوهش هایی که درباره تاریخ سربداران داشت در سال۱۳۶۱ کتاب”خروج و عروج سربداران “نوشته “مانسون اسمیت”را ترجمه و منتشر کرد و پس از آن در سال ۱۳۶۳ کتاب”قیام شیعی سربداران”را از مجموعه پژوهش های تاریخ ایران به چاپ رساند، این کتاب، یکی از مهم ترین و قابل وثوق ترین منابع فارسی می باشد که تا به امروز درباره این حرکت و جنبش آزادی بخش قرن هشتم نوشته شده است.
یعقوب آژند هم اکنون عضو هیات علمی دانشکده هنرهای زیبای دانشگاه تهران می باشد و این در حالی است که تا کنون بیش از هفتاد عنوان کتاب در زمینه های هنر، ادبیات و تاریخ ترجمه و تالیف کرده است و هم چنین ده ها مقاله در نشریات مختلف علمی و فرهنگی کشور از ایشان منتشر شده است.